1996 wurde der erste Abschnitt der stadtgeschichtlichen Abteilung eröffnet. Unter dem Titel „Straubing - Unter Kurfürst und König” behandelt diese Ausstellungseinheit die Entwicklung der Stadt Straubing von der Mitte des 17. Jahrhunderts bis zum Ende des Königreichs Bayern 1918. Straubing wird vorgestellt als Haupt – und Regierungsstadt für das „untere Niederbayern“ und wichtiges Handelszentrum im Kurfürstentum Bayern. Als stark befestigter Ort von überregionaler Bedeutung nahm sie aber durch Kriege und Belagerungen immer wieder Schaden, so im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648), im Spanischen Erbfolgekrieg (1701 – 1714) und im Österreichischen Erbfolgekrieg (1741 – 1745).

Mit der Neuordnung Bayerns, das 1806 zum Königreich aufstieg, verlor Straubing seine politische Stellung. Die Stadt sank zur Provinzstadt ab. Erst ab 1850 zeigten sich wirtschaftliche Verbesserungen, die nach 1890 in einen deutlichen Wirtschaftsaufschwung mündeten. Er zeigte sich auch in einer Veränderung des äußeren Erscheinungsbildes der Stadt, wie zahlreiche repräsentative Neubauten bis heute belegen.